حائز اهمیت ترین تفاوت موجود میان حسابرسی مالی و حسابرسی مالیاتی در هدف موردنظر هر قیمت است. به عبارتی هدف حسابرسی مالی بیان نظرات در ارتباط با صورتهای مالی میباشد. ولیکن هدف حسابرسی مالیاتی مازاد بر اظهار نظر، رسیدگی به رعایت مقررات مالیاتی و درآمد مشمول مالیات و معافیت متعلق بدانها است. به بیانی بهتر حسابرسی مالی، تنها اظهارنظر در ارتباط با صورتهای مالی بنابر استانداردهای حسابرسی و حسابداری میباشد. ولو حسابرسی مالیاتی ترکیبی از حسابرسی با ضوابط مالیاتهای مستقیم، استانداردهای حسابداری، بخشنامههای مربوط بدان میباشد.